石器时代有二三百万年，但始于距今8000年前的新石器时代与农业文化的关系最为密切，它以磨制的石斧、石锛、石凿和石铲为主要生产劳动工具，许多学者都认同农业起源于新石器时期，并且是新石器时代的主要特征之一。
　　农博收藏有新石器时期的石斧、石锛、石凿、石铲、石磨盘、石磨棒等文物约200余件，以工具和农具居多，已基本形成一个专题。包括龙山文化的石耜、石镰等农业生产工具，红山文化的石斧等重要文物。其中尤值得一提的是反映华北的磁山文化、裴李岗文化的40余件文物。
　　磁山文化和裴李岗文化都在华北地区，年代约为公元前5400左右，居民经济生活以原始农业为主，农作物有粟。以石镰、石铲、石刀、石斧与柳叶形石磨盘为生产工具，石磨盘附有三足或四足。居民饲养狗、猪等家畜，并兼事渔猎。
　　磁山文化、裴李岗文化关系密切，有人把两者连称为"裴李岗•磁山文化"。 它们是华北新石器时代早期的重要文化，也是中国目前非常重要的两个新石器时期的文化遗址。"裴李岗•磁山文化"出土的农作物标本、生产工具充分说明当时农业已经产生，并且有了相当的发展。农博馆藏的石磨盘和石磨棒都是该文化的代表性文物，具有重要文物价值。